Di tingkat internasional, ia mewakili Honduras U17. Ia bermain terutama sebagai Bek.

Sepanjang Kejuaraan CONCACAF U17 2025, Yensel Alexandro Morales Trujillo tampil dalam 1 pertandingan, dengan rata-rata 6 tekel, 2 intersepsi, dan 4 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.