Saat ini ia bermain untuk FC Ordino, mengenakan kaus bernomor 9. Ia bermain terutama sebagai Penyerang. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 200K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari FC Malaga City Academy ke FC Ordino pada 2024-07-01.

Pada musim Divisi Pertama Andorra 2025-2026, Borja Morales mencetak 3 gol dan memberikan 0 assist dalam 12 penampilan, dengan rata-rata 0.3 gol per pertandingan dari 0 percobaan tembakan dan 0 tepat sasaran.