Di tingkat internasional, ia mewakili Eswatini. Ia bermain terutama sebagai Bek.

Sepanjang Kualifikasi Kejuaraan Dunia, Afrika 2026, Bongi Magagula tampil dalam 4 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.