Saat ini ia bermain untuk Rubio Nu, mengenakan kaus bernomor 9. Ia bermain terutama sebagai Penyerang.

Pada musim Divisi Pertama Paraguay 2026, Pedro Federico Báez Benítez mencetak 1 gol dan memberikan 0 assist dalam 5 penampilan, dengan rata-rata 0.2 gol per pertandingan dari 8 percobaan tembakan dan 4 tepat sasaran.