Saat ini ia bermain untuk Tartu JK Maag Tammeka, mengenakan kaus bernomor 18. Ia bermain terutama sebagai Bek. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 25K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari Tartu JK Maag Tammeka B ke Tartu JK Maag Tammeka pada 2023-01-01.

Sepanjang Premier Liiga Estonia 2025, Mihkel Sepp tampil dalam 30 pertandingan, dengan rata-rata 0 tekel, 0 intersepsi, dan 0 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.