Saat ini ia bermain untuk FBC Melgar, mengenakan kaus bernomor 34. Ia bermain terutama sebagai Bek. Tinggi badannya 173 cm dan berat badannya 65 kg. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 50K €.

Perpindahan terakhirnya adalah Pinjaman dari EM Deportivo Binacional ke FBC Melgar pada 2025-12-31.

Sepanjang Liga 1 Peru 2025, Juan Ayqque tampil dalam 13 pertandingan, dengan rata-rata 0.6 tekel, 0.3 intersepsi, dan 0.2 sapuan per pertandingan, serta memblokir 0 tembakan per pertandingan.