Saat ini ia bermain untuk Phonix Lubeck, mengenakan kaus bernomor 10. Ia bermain terutama sebagai Penyerang. Nilai pasar saat ini diperkirakan sebesar 125K €.

Perpindahan terakhirnya adalah dari SV Eichede ke Phonix Lubeck pada 2022-07-01.

Pada musim Liga Regional Jerman 2025-2026, Jonathan Stöver mencetak 2 gol dan memberikan 0 assist dalam 3 penampilan, dengan rata-rata 0.7 gol per pertandingan dari 0 percobaan tembakan dan 0 tepat sasaran.